A Cseh Királyság és a Magyar Királyság már a X. századtól kezdve szomszédos államok voltak. A kereszténység közép-európai elterjedésében fontos szerepet játszott Prága püspöke, Szent Adalbert és tanítványai magyarországi missziója. A cseh Přemysl- és a magyar Árpád-uralkodóház között is közeli kapcsolatok alakultak ki. II. Břetislav cseh fejedelem és Kálmán magyar király 1099-ben megvalósult találkozásáról, amely Lucko mezején, a morva-magyar határnál, Uherský Brod település közelében zajlott le, Kosmas cseh krónikaíró az alábbiakat hagyta az tókorra: “Felmérhetetlen mennyiségű ajándékokat nyújtottak át egymásnak, és ezzel megújították a barátságról és békéről szóló régi szerződéseket”. I. Přemysl Otokar cseh király felesége, Konstancia magyar királylány az egyik legnépszerűbb cseh szent, Ágnes (sv. Anežka Česká) édesanyja volt.
Hunyadi (Korvin) Mátyás magyar király nagyon fontos szerepet játszott a humanizmus és a reneszánsz közép-európai terjesztésében. Mátyás rövid morvaországi uralkodása a 15. század hetvenes és nyolcvanas éveiben nem mindennapi fejlődésnek indította a kereskedelmet és a kézműves mesterségeket, és Brünn fellendítésében is nagy szerepet játszott. Mátyás szolgálatában álló legjelentősebb morva nemzetiségű tisztviselő, a prostějovi születésű Jan Filipec volt, aki Brünnben humanista nyomdát alapított, amely 1488-ban először jelentette meg Thuróczi János híres krónikáját.
A magyar barokk kiemelkedő, európai jelentőségű egyénisége, Pázmány Péter bíboros, a toleráns ellenreformációs politika képviselője a 16. század végén valószínűleg a jezsuiták brünni kollégiumában is tanult. 1616-ban a prágai Szent Vitus székesegyházban szentelték esztergomi érsekké, s élete alkonyán több birtokot vásárolt Morvaország területén, amelyek egyike volt a vsetíni uradalom is.
A 17. századi cseh protestánsok közül kiemelkedő szerepe volt Jan Amos Komenskýnek, aki 1650 és 1654 között a sárospataki református kollégiumban tanított, s itt írta legfontosabb műveit, az Orbis pictust és a Schola ludust.
Kazinczy Ferenc a magyar jakobinus mozgalom egyik elítéltjeként került több társával együtt a Habsburg Birodalom egyik legrettegettebb börtönébe, a brünni Špilberkbe, ahol 1795. október 7-től az év végéig tartották fogva, majd más rabokkal együtt áthelyezték Zábrdovice városrész fegyházába, ahonnan 1799. június 22-én szállították Kufsteinbe. Brünni börtönéveiről a Fogságom naplója c. művében emlékezik meg. Itt értette meg, hogy az adott körülmények között a forradalmi út járhatatlan, s itt kristályosodott ki benne a magyar nyelv megújításának és a magyar nemzet kulturális fölemelésének gondolata. A fogságban Goethét, Lessinget, Shakespeare-t olvasott, és behatóan foglalkozott a magyar nyelvtannal.
A legnagyobb nemzetközi hírnévre szert tett magyar drámát, Madách Imre Az ember tragédiája c. művét Jaroslav Vrchlický és František Brábek fordították le cseh nyelvre. A művet 1892-ben mutatták be a prágai, majd 1905-ben a brünni Nemzeti Színházban. A 19. és 20. század folyamán több magyar író, költő műveit fordították le cseh nyelvre. Brünni vonatkozása miatt érdemes kiemelni Ady Endre Vér és arany c. kötetének a brünni Mirek Elpl által elkészített cseh fordítását, amely 1935-ben jelent meg Brünnben.
A 20. század második felében a magyar kultúra csehországi népszerűsítésében és a cseh-magyar kapcsolatok kutatásában kiemelkedő szerepet játszott a brünni Masaryk Egyetem Bölcsészettudományi Karának hungarológiai kutatócsoportja Richard Prařák professzor vezetésével.
A magyarok nem tartoznak Csehország őshonos kisebbségei közé. A csehországi magyar kisebbség létrejötte szorosan összefügg az első Csehszlovák Köztársaság 1918-as megalakulásával. A trianoni békeszerződés értelmében az új államalakulatnak jelentős számú magyar nemzetiségű lakosa lett, akik Szlovákiában és Kárpátalján éltek összefüggő területen. A cseh-morva országrészbe az országban lezajlott belső migráció lévén kerültek. A két világháború közötti időszakban elsősorban Prágában zajlott élénk magyar kulturális élet. A csehországi magyarok nagy részét azok a magyar nemzetiségű szlovákiai és kárpátaljai fiatalok alkották, akik egyetemi tanulmányaik helyszínéül a prágai és brünni német és cseh tanítási nyelvű egyetemeket választották.
Az első csehországi magyar szervezetet, a brünni Corviniát a város német műegyetemén tanuló magyar hallgatók hozták létre 1921-ben. Az egyesület tevékenységének máig fennmaradt emléke Kazinczy Ferenc emléktáblája, amelyet 1927. november 12-én lepleztek le Kazinczy egykori börtöncellájának falán, majd egy későbbi felújítás során került mai helyére, a múzeumként szolgáló egykori várbörtön északi szárnyának folyosójára. A prágai magyar egyetemisták 1925-ban alapították meg a Szent György Kört, később pedig további országos magyar szervezetek is létrehozták prágai és brünni szervezeti egységeiket.
A második világháborút követő erőszakos áttelepítések következtében sok szlovákiai magyar került Csehország nyugati határvidékeire. Azok leszármazottai, akik később nem települtek vissza Szlovákiába, alkotják a nyugat-csehországi magyarok egy részét. A Csehország területén szórványban élő magyar kisebbség száma legnagyobb mértékben a 20. század hatvanas éveiben kezdett növekedni, amikor Csehszlovákia magyarlakta vidékeiről munka, egyetemi tanulmányok, katonai szolgálat és családalapítás révén több ezer magyar került a cseh országrészbe.
Magyar egyetemisták a háború után ismét diákklubokba tömörültek: 1957-ben Prágában megalakult az Ady Endre Diákkör (AED), 1969-ben pedig a brünni Kazinczy Ferenc Diákklub (KAFEDIK). Egészen az 1989-es rendszerváltásig ezek a szervezetek voltak Csehország kizárólagos magyar szervezetei, s Csehszlovákia szétválása miatti átmeneti létszámcsökkenést követően a mai napig aktívan működnek, tagbázisukat az itteni egyetemeken tanuló, elsősorban szlovákiai magyar hallgatók alkotják.
A Cseh- és Morvaországi Magyarok Szövetsége (CSMMSZ) 1990 februárjában alakult meg Prágában. Napjainkban hét helyi egyesülete működik – Prágában, Brünnben, Ostraván, Teplicén, Pilsenben, Lovosicén és Karlovy Varyban. A rendszerváltozás óta a CSMMSZ-en kívül további, szakmai és egyéb specializált magyar szervezetek is alakultak, amelyek a CSMMSZ-szel párhuzamosan működnek, és ugyancsak igyekeznek kivenni részüket a csehországi magyar kulturális és társadalmi életből.